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企业在职人员是否可以注册自己的公司取决于多个因素，包括该人员的劳动合同、职务、公司的规定以及当地法律法规等。
如果企业在职人员在业余时间从事的工作不违反公司的规定，并且没有与其全职工作产生利益冲突，那么理论上是可以注册自己的公司的，如果该员工的工作涉及企业的核心机密或重要业务，其兼职可能损害企业的利益，那么企业可能有相关的规定来限制或禁止此类行为。
具体的法律规定也需考虑，不同地区和国家对于公务员和特定行业员工在外兼职或创业有不同的规定，某些公务员岗位是明确禁止在外兼职或注册公司的。
企业在职人员想要注册自己的公司时，应当先了解所在企业的规定，并咨询法律专业人士，确保自己的行为和计划合法合规，如果计划付诸实施，还需要获得企业的同意和配合，确保不会对企业的利益造成任何损害。
企业在职人员能否注册自己的公司不能一概而论，需要根据具体情况进行判断。